口蹄疫病毒属于小RNA病毒科口疮病毒属，外形呈球形，正20面体对称，直径30nm，无囊膜，分子量为6.9×106，完整的病毒为单链RNA，基因长度为8.5kb，完整病毒颗粒核酸占30%，蛋白质占70%.结构基本明了，由5UTR、3UTR和ORF组成，其中ORF内含VP1结构基因，VP2、VP3非结构基因和起始密码号和终止密码子等。VP1与病毒的免疫原性有关，也是病毒主要抗原所在位点。
　　病毒多型，有7个血清型，65个亚型，其7个血型为A、O、C，南非SATⅠ、SATⅡ、SATⅢ、亚洲Ⅰ型，以O型为常见。A型又分为32个亚型，O型11个亚型，C型5个，南非Ⅱ型3个，亚洲Ⅰ型3个亚型，最近报道口蹄疫亚型已增加到70个以上，各型无交叉免疫现象。
　　病毒对外界环境抵抗力很强，自然条件下，含毒组织和受污染的废料其传染性可达数月，高温和阳光对病毒有杀灭作用，酸、碱对病毒有较强的杀灭作用，1%～2%氢氧化钠溶液，30%草木灰水，1%～2%甲醛溶液有效，酚、乙醇、氯仿无效，该病毒对热敏感，60℃ 30min灭活，80～100℃立即灭活。