①胃液中的蛋白酶：胃主细胞分泌的胃蛋白酶原是人胃液中仅有的蛋白质水解酶的酶原。在正常胃液中（pH 1～1.5），胃蛋白酶原经H+激活，生成胃蛋白酶。胃蛋白酶亦可催化这种转变，称为自身激活作用。胃蛋白酶对乳中的酪蛋白有凝乳作用。
　　②胰液中的蛋白酶：蛋白质的消化主要靠胰酶完成，这些酶的最适pH为7.0左右。胰液中的蛋白酶分为两类，即内肽酶和外肽酶。内肽酶主要是胰蛋白酶、糜蛋白酶及弹性蛋白酶。外肽酶主要是羧基肽酶。
　　③小肠粘膜细胞的水解酶：小肠粘膜细胞有氨基肽酶及二肽酶。寡肽的水解主要在小肠粘膜细胞内进行。
　　（2）氨基酸的吸收
　　消化产物氨基酸及一些小肽可以直接被吸收，或通过耗能靠钠的主动转运而吸收。
　　（3）蛋白质的腐败作用
　　肠道细菌对部分未消化的蛋白质及部分消化产物所发生的作用，称为蛋白质的腐败作用。因此，蛋白质的腐败作用是细菌的代谢过程，以无氧分解为主。腐败作用的大多数产物对人体有害。