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两种获取牙龈卟啉单胞菌基因组DNA方法比较(2)
作者:陈晓涛等 日期:2011年10月22日 来源:互联网 浏览:

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  牙龈卟啉单胞菌是慢性牙周炎病变区或活动部位最重要的优势致病菌之一。传统的培养法检测龈下菌斑中的牙龈卟啉单胞菌周期长,易污染,并且阳性率低。Wahlfors等[1]报道,聚合酶链反应(PCR)可检测到5~50个P.g细胞,其阳性率远高于培养法,且具有敏感、特异和快速等优点。而基因组DNA的分离和纯化是分子生物学PCR技术的基础工作。柱式细菌基因组DNA抽提试剂盒的基本原理是柱的底部有一层惰性大分子基质材料,当样品经细胞裂解处理后, 加入离心柱内,通过高速离心,DNA能被高效选择性地吸附在固态膜上,而绝大多数杂质(蛋白质、糖类、脂类和盐等)均可被膜离心掉,再经两次洗脱将残留在固态膜上的微量杂质(主要是二价阳离子和一些杂蛋白等)除去,最后缓冲液洗脱获得高纯度的DNA。但其操作繁琐、耗时,操作过程中有时会出现蛋白酶消化不完全所致柱子阻塞现象。 Chelex100是一种螯合型的离子交换树脂,由苯乙烯和苯乙二烯组成的聚合物,包含成对的亚氨二乙酸离子。Walsh等[2]最初用Chelex100作为金属离子螯合剂来提取人类DNA。Stein等[3]研究发现,含有5% Chelex100悬液在碱性环境(pH 10~11)和100℃煮沸时可使细胞膜破裂,释放出DNA,并能与Mg2+、Ca2+等核酸反应必需的二价金属阳离子螯合,从而保护DNA,防止基因组DNA在抽提过程中降解成小片段, 有利于靶DNA片段的扩增,并减少杂带,提高了PCR扩增的效率[4]。Lamballerie等[5]从培养和临床标本中快速提取细菌及病毒DNA用于PCR反应,并对150例临床标本提取DNA进行PCR检测分歧杆菌,结果表明,用此方法比碱裂解后传统的蛋白酶K消化、酚/氯仿抽提法可获得更多的阳性样本。

  本研究采用试剂盒法和Chelex100法从慢性牙周炎龈下菌斑中提取细菌基因组DNA,结果提示,2种方法对牙龈卟啉单胞菌的感染位点检出率差异无统计学意义。但Chelex100法有着不可代替的优点: (1)步骤简单,大大减少DNA提取的工作量,整个过程仅15 min即可完成。(2)由于Chelex100提取DNA整个操作在1个Ep管中进行,可减少多次抽提换管的污染机率。(3)价廉,成本低。因此,对临床大样本牙周炎患者做微生物学研究时,Chelex100法是一种有效、简便的细菌基因组DNA提取方法。

  【参考文献】

  [1]Wahlfors J, Meurman JH, Vaisanen P, et al. Simultaneous detection of Actionbacillus actinomycetemcomitans and Porphyromonas gingivalis by PCR method[J]. Dent Res ,1995,74(11):1796 1801.

  [2]Walsh PS, Metzger DA, Higuchi R. Chelex100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR based typing from forensic material[J]. Biotechniques, 1991,10(4):506513.

  [3]Stein A, Rooult D. As imple method for amplification of DNA from paraffin embedded tissues [J]. Nucleic Acids Research,1992,20:5237.

  [4]吴梅筠.法医物证学[M].北京:人民卫生出版社,1998.202.

  [5]Lamballerie XD, Zandotti CA. One step microbial DNA extraction method using ‘Chelex100’ suitable for gene amplication[J]. Res Microbiol,1992,143:758790.

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