在我国，传统上政府与医院之间的关系主要表现为行政隶属关系，这种关系将随着我国医疗服务管理体制的深刻变革而发生改变。由于社会办医格局的逐步形成以及中外合资合作医疗机构的产生，单一的行政隶属关系将逐渐弱化。市场经济条件下，政府与医院之间应当建立何种关系？政府对各类医院应当监管哪些方面？是必须认真研究并应给予回答的问题。
　　根据我国现行的医疗机构分类管理政策以及投资管理政策，我国新的医疗服务体系中将包括以下4种类型的医院：政府举办的公立医院（预算制医院）、国有民营的非营利性医院、非国有的非营利性医院与非国有的营利性医院。在多元化办医的格局下，政府与各类医院之间的关系中其共同之处在于：政府依法批准和设立各类医疗机构，监督医疗机构的服务过程以及服务质量并进行必要的奖罚，各类医疗机构在突发性应急事件处理中接受政府的统一领导和指挥等。各类机构都具有投标竞争政府设立的医学研究项目的均等机会，以及基本医疗保险定点医疗机构的候选资格等。
　　政府与公立医院　现有公立医院体系改革后，政府对保留下来的公立医院应实施严格监管，保障到位的政策，充分发挥公立医院服务于社会以及调控和引导医疗服务市场的功能。政府对公立医院的运行和发展承担筹资和补偿责任，实行预算和核销制。承担公立医院运行维持费用、人员工资和保险、基本建设和技术发展支出，对不可追缴的患者欠账实施核销，对因政策所导致的经营亏空给予补贴。政府作为出资人组建由相关政府部门、专家、社区代表参加的医院管理委员会（理事会），该委员会为决策机构，负责院长的选聘，对医院的重大投资和经营活动进行审批。医院院长每年定期向政府汇报其资产安全、医疗服务提供情况、公益服务开展情况等。公立医院的定位是协助政府实现改进和提高社会福利的目标，作为政府间接调控医疗服务市场的手段，起到平抑服务价格，满足居民特别是弱势人群的基本医疗服务需求的作用。
　　政府与国有民营的非营利性医院　现有的部分公立医院可在保持国有性质不变的情况下，探索国有资产的多种管理模式和公有制的实现方式，可以采用国有民营的方式，组建自治医院或公司制医院。政府与托管组织或个人之间以合同的方式订立委托经营管理协议。这类医院在性质上仍然是国有的非营利性医院，政府根据合同目标的实现程度对受托组织或个人进行奖励，机构的管理层一般可实行年薪制基础上的奖励工资制。政府对这类医院的监管重点是国有资产的安全，是否落实了非营利性质以及服务于社会的公益性质。在医院筹资方面，政府仍要承担部分责任，但政府鼓励社会向这类机构进行无偿捐赠。
　　政府与非国有的非营利性医院　政府应当明确规定这类医院的资产归社会所有，而非投资者所有。政府监管的重点是医院能否贯彻和兑现了非营利性质，其资产是否安全。政府一般对这类机构不提供经常性和发展性投入，但可以购买他们所提供的医疗服务。这类医院要成立相应的理事会和监事会，进行自主管理。政府要给予必要的融资政策，如允许其发行免税债券，对捐助于这类医院的企业给予税收减免等。当这类机构申请转制为营利性机构时保证交易公平，资产安全，所置换出的资金继续用于改善和提高居民健康。
　　政府与营利性医院　现阶段我国宏观经济形势较好，境内外投资比较旺盛，是发展营利性医院的好时机。政府应当鼓励营利性医院的发展，可以将免税时间由现有的3年延长为5～8年，期满后在税种和税率方面也应当区别于一般的工商企业，可执行低税率政策。政府对这类医院的监管重点是加强应收税种的征管，防止偷税漏税现象的发生。此外，要防止这类机构采用不正当竞争手段牟取暴利。因此，反垄断、反倾销、监控服务价格，防止价格欺诈是政府的重点职责。政府要允许和鼓励营利性医院进行股份制改造后上市融资。营利性医院实行内部自主管理，建立符合公司法的法人治理结构。政府依据公司法对其进行监管，但不干预其日常运营，这类医院的重大的投资和发展规划应当纳入区域卫生规划统筹管理。